第一、稅率不同。
小規(guī)模需要按照3%的稅率來計(jì)算增值稅，或者是出售不動(dòng)產(chǎn)征收的稅率為5%。
一般納稅人的公司會(huì)根據(jù)公司銷售的貨物，提供的勞務(wù)來使用不同檔次的稅率，稅率分別為13%，10%，9%，6%，涉及到出口貨物可能會(huì)有零稅率或者是退稅的政策。

第二、發(fā)票使用區(qū)別。
小規(guī)模納稅人不管是取得的增值稅普通發(fā)票還是增值稅專業(yè)發(fā)票都不能抵扣增值稅。
一般納稅人在獲得增值稅專業(yè)發(fā)票時(shí)，可以抵扣進(jìn)項(xiàng)稅，所以都會(huì)盡量要供應(yīng)商開具增值稅專業(yè)發(fā)票，普通發(fā)票無法完成抵扣，從而會(huì)增加公司的運(yùn)營(yíng)成本。

第三、稅收優(yōu)惠政策不同。
小規(guī)模納稅人規(guī)定了季度銷售額在30萬元以內(nèi)，可以免征增值稅，另外城建稅，印花稅，房產(chǎn)稅等稅費(fèi)還可以減征。
一般納稅人類型的公司無法享受到這些稅率方面的優(yōu)惠政策。

第四、納稅申報(bào)周期不同。
一般納稅人的納稅申報(bào)按月進(jìn)行，小規(guī)模納稅人的納稅申報(bào)一般按季度進(jìn)行（例外：部分小規(guī)模納稅人也可申請(qǐng)按月申報(bào)）。
正是因?yàn)橐话慵{稅人的會(huì)計(jì)水平比小規(guī)模納稅人更加健全，所以一般納稅人需要每月進(jìn)行增值稅申報(bào)，而小規(guī)模納稅人只需在一月初、月初進(jìn)行增值稅申報(bào)。
四月、七月初和十月初進(jìn)行四份納稅申報(bào)表。